要保证DNA结构的完整性和DNA的纯度
在pH值为12.0~12.6的碱性环境中,在去垢剂SDS的作用下,细菌的细胞壁与细胞膜均破裂,释放出大量的染色体DNA、RNA及质粒DNA。此时,所有双链DNA解聚成单链,但质粒DNA仍保持环状。当pH值恢复到中性时,在高盐浓度下,大分子量的染色体DNA只是部分复性,相互交织成不溶性的网状结构,与细胞碎片、部分蛋白质和大分子量的RNA一起沉淀,并可通过离心除去。而环状的质粒DNA可以完全复性,溶解于上清中,从而达到初步分离的目的。
采用改进SDS-碱裂解法裂解细胞,离心吸附柱内的硅基质膜在高盐、低pH值状态下选择性地结合溶液中的质粒DNA
1.取1.5ml过夜培养的菌液,12000 rpm,离心30s,弃上清,尽可能倒干,收集菌体沉淀。
2.用100μl 溶液I(50mmol/L Tris-HCl pH8.0, 10mmol/L EDTA)重悬菌体沉淀,Tip吹打至彻底悬浮。
3.加入150μl 溶液II(0.2mol/L NaOH, 1% SDS),轻轻颠倒混匀4~6次,使充分菌体充分裂解,室温放置5 min,直至溶液变得清亮。
4.加入150μl 溶液III(4mol/L 盐酸胍,0.5mol/L KAc pH4.2),立即温和颠倒混匀4~6次。室温放置5 min,12000 rpm离心10 min,小心吸取上清。
5.加入400μl 结合缓冲液(5mol/L 盐酸胍,20mmol/L Tris-HCl pH6.6, 37.5%乙醇)于离心吸附柱中,然后将步骤4中的上清加入吸附柱中(不要将沉淀移入吸附柱),混匀,套入收集管中,12000 rpm离心30 s,倒掉收集管中的废液。
6.加入750μl 漂洗液(20mmol/L NaCl, 2mmol/L Tris-HCl pH7.5, 80%乙醇)于离心吸附柱中,静置1min ,12000 rpm离心15 s,倒掉收集管中废液。
7.重复步骤6一次。
8.再次于12000 rpm空离心2 min,尽量除去漂洗缓冲液中的乙醇。
9.取出离心吸附柱,将其套入一个干净的1.5ml Eppendorf管中,在硅基质膜中央部位加入50μl洗脱缓冲液(10mmol/L Tris-HCl, 1mmol/L EDTA pH8.0),室温放置2 min,12000 rpm离心1 min。
10.丢弃离心吸附柱,溶液中含有目的质粒DNA,置于4℃或-20℃保存。